환경부는 최근 연료비 보조금 기준단가를 '0'으로 하고 공차거리 및 경유세금 인상분 보조금은 해당 지자체에서 결정·통보하는 바에 따라 지급하되 경유세금 인상분 보조금 지급액은 경유·천연가스간 연료가격차가 115원 이하일 경우 보조금 지급액 전액을 지급하고 115원 이상일 경우 [경유세금 인상분 보조금-(경유·천연가스간 연료가격차-115원)] 방식을 적용키로 했다.
이에 따라 이동충전시설용 보조금 지급기준은 서울시 천연가스 가격 기준으로 모충전소와 기존 고정식 충전소에 244.02원/㎥의 보조금이 지급된다. 또 기타 시·도는 해당 시·도 천연가스 가격과의 차액을 보조금으로 지급토록 하고 2004년 1월부터 6월까지의 이동충전시설용 보조금 지급기준은 이 기준을 적용해 재정산하게 된다.
고정식 충전소에 대한 보조금 지급기준은 [차이대수 4,279㎥/월 106원/㎥]을 적용한다. 현재 기준대수와 충전대수의 차이대수는 춘천 CNG 충전소 16대, 군산 미룡충전소 23대, 진주 진양호충전소 25대, 서울 월계충전소 5대, 서울 중부운수충전소 3대, 북부운수충전소 15대 등이다.
또 모충전소(M/S)가 설치된 지역의 이동충전차량에 대한 충전은 특별한 사유를 제외하고 모충전소를 이용토록 하고 그렇지 않을 경우 보조금은 모충전소 기준가격을 적용키로 했다.