협약서에서 둔산한방병원은 한국원자력연구소가 공상으로 진료를 의뢰한 환자에 대해 진료비 후불제를 적용할 수 있도록 하고 원자력연구소 직원 및 직계존비속, 배우자의 부모에 대해 외래 및 입원 진료시 한약 10%, 종합건강진단 20%, 채용 및 학생 신체검사 10% 등 의료비 감면혜택을 부여하기로 했다. 또한 원자력연구소 직원의 정기검진시 무료로 추가 한방진료 및 상담을 실시하기로 했다.
양 기간은 또한 공동 관심분야에 대해 공동 연구를 수행하고, 교육 및 의료 연구에 필요한 시설 및 장비 공동 사용, 학술 및 기술정보 교류 및 공동 활용 등 긴밀한 협력체계를 구축하는데 합의했다.